Der Leibniz-WissenschaftsCampus wird von einem fünfköpfigen Direktorium geleitet; die Direktoren repräsentieren hierbei auch die beteiligten Institutionen. Sprecherin ist Prof. Julia Fischer (DPZ). Die weiteren Direktoriumsmitglieder sind Prof. Stefan Treue (DPZ), Prof. Julia Ostner (Universität), Prof. Hannes Rakoczy (Universität) und Prof. Fred Wolf (Max-Planck-Institut für Dynamik und Selbst-Organisation) als Repräsentant des Göttingen Campus. Das Direktorium ist für alle Aktivitäten des WissenschaftsCampus verantwortlich, beschließt die internen Fördermaßnahmen und repräsentiert den Campus nach außen. Die Mitglieder des Direktoriums werden von den beteiligten Institutionen für vier Jahre berufen.

Die Mitglieder des Steuerungsausschusses werden von der Generalversammlung aller Mitglieder des WissenschaftsCampus gewählt. Die am WissenschaftsCampus beteiligten Kerndisziplinen Verhaltensbiologie, Neurowissenschaften und Psychologie müssen mit jeweils mindestens einem Vertreter repräsentiert werden. Neben sechs Vertreter*innen der hauptamtlichen Wissenschaftler*innen sind auch jeweils ein/e Repräsentant*in der beteiligten Postdoktorand*innen und der Doktorand*innen vertreten. Die Mitglieder des Steuerungsausschusses werden auf zwei Jahre gewählt. Die Aufgaben des Steuerungsausschusses umfassen die Beratung des Direktoriums und die Begutachtung von Förderanträgen.

Dem Wissenschaftlichen Beirat gehören bis zu fünf externe Vertreter der am WissenschaftsCampus beteiligten Fachdisziplinen an. Derzeit gehören dem Beirat Prof. Ralph Hertwig (Max-Planck-Institut für Bildungsforschung Berlin), Prof. Robert Seyfarth (University of Pennsylvania), Prof. Dr. Gaia Scerif (University of Oxford), Prof. Winrich Freiwald (Rockefeller University New York) und Prof. Adrienne Fairhall (University of Washington) an. Das Gremium empfängt und begutachtet die Berichte des Direktoriums und macht Vorschläge zur weiteren Entwicklung des WissenschaftsCampus. Der Beirat wird auf Vorschlag des Direktoriums von den beteiligten Institutionen bestellt.

Unterstützt werden die Gremien und Mitglieder des WissenschaftsCampus von einem Koordinator.